国防生与军校生在体检要求、管理方式、身份待遇、学习环境上有所差异。
1、体检要求不同。国防生身体条件符合军校非指挥类招生体检要求即可，视力要求也比军校生适当降低一些。
2、管理方式不同。军校生接受完整的军政训练，由军校直接管理;而国防生仅接受必要的军政训练课程，接受所在高校和军队驻校选培办双重管理。
3、身份待遇不同。军校学员经复查合格者，即取得学籍和军籍，享受部队供给制学员待遇，发放津贴费，学习和生活费用由军队承担，其家庭享受军属待遇.国防生在校学习期间不办理入伍手续，毕业后按照协议书定向分配到军队工作，在校期间可享受军队提供的国防奖学金。
4、学习环境不同。军校生只能在军校学习,而国防生可在录取自己的高校(包括北大、清华等名校)学习，在不影响正常学习的情况下，由军队进行必要的军政训练。
需要注意的是，根据军队改革有关部署，将对国防生制度进行改革，由定向招录、全程培养逐步调整为面向地方院校毕业生直接选拔招录，建立健全相关配套政策。从2017年起，不再从普通高中毕业生中定向招收国防生，也不再从在校大学生中考核选拔国防生。
国防生：根据部队建设需要，由军队依托普通高等学校从参加全国高校统一招生考试的普通中学应届高中毕业生中(含符合保送条件的保送生)招收和从在校大学生中选拔培养的后备军官。国防生在校期间享受国防奖学金，完成规定的学业和军政训练任务并达到培养目标，取得毕业资格证和相应学位后，按协议办理入伍手续并任命为军队干部。
军校生：根据部队建设需要，由军事院校从参加高考的应届高中生(或部队)中招收培养的考生。军校生直接在军事院校完成学习，入校经复查复审合格后，即可取得学籍和军籍，并开始计算军龄。
