1960年，湖南高校调整，学校保留校名，改为师专。1978年8月，学校升格为省属综合性大学，1979年招收本科学生。2000年8月，吉首卫生学校并入吉首大学。2002年10月，武陵高等专科学校并入吉首大学。2003年，学校获得硕士学位授予权。2006年6月，湘西州人民医院并入吉首大学。2006年学校本科教学工作水平评估获得优秀。
学校占地119万平方米，校舍41万平方米，教学科研仪器设备总值11768万元，图书资料156万册。现有专任教师873人，其中高级职称437人（含正高职称98人），专任教师中具有博士、硕士学位的占教师总数的42%。现有本科专业45个，硕士点19个，涵盖除军事学以外的11大学科门类，省级重点专业8个，省级重点学科3个，省部级重点研究基地5个，国家级实验室示范中心1个，省级重点实验室1个。
院系设置：学校下设化学化工学院、化学实验教学中心、旅游学院、生物资源与环境科学学院、商学院、数学与计算机科学学院、体育科学学院、外国语学院、物理科学与信息工程学院文学与新闻传播学院、医学院、音乐舞蹈学院、法学院、政治与公共管理学院、历史与文化学院、美术学院、信息管理与工程学院、城乡资源规划学院、国际交流学院、成教学院、民族预科教育学院、马克思主义学院、公共外语部、师范学院、公共计算机教学部、张家界学院、现代教育技术部、图书馆、学报、新闻中心。
学校面向全国28个省（市）、自治区招生。现有各类在籍学生20000余人，其中全日制本专科学生13000余人，硕士研究生299人，成人教育本专科学生6500余人。办学49年来，学校共培养各类高级专门人才50000余名，其中30000余名毕业生扎根在湖南西部民族贫困地区。近5年学生参加各类竞赛共获国家级奖项50余项，省部级奖项120余项。毕业生就业率保持在93％以上。
“十五”间，学校承担各级各类科研课题440项，其中国家自科基金、社科基金课题31项，获省部级科技成果奖30项。成果转化的经济和社会效益显著。美味猕猴桃“米良1号”被国务院扶贫办列为扶贫开发项目，在全国16个省（市）推广栽种，仅湘西自治州种植面积就达10万余亩。从猕猴桃中提取的“果王素”经鉴定“达到国内领先水平，填补国际空白”，猕猴桃研究成果的产业化帮助湘西近10万农民摆脱贫困。湘西矿产资源和植物资源的研究成果已经孵化出近10家高新技术企业。湘西民族历史、文化研究带动了湘西旅游产业的蓬勃发展。区域经济及开发模式研究多项成果被各级政府和企业采纳。
