此外，一些高校存在办学特色不明显，办学定位、学科以及专业建设、人才培养目标和培养模式存在类同现象，盲目追求“升格”，学科齐全、规模大，专业建设“赶热门”，一哄而上，造成重复建设资源浪费。在人才培养方面，存在文科生多、理工科生少的问题。
民办高校仍然是薄弱环节
报告称，执法检查中，高校普遍反映目前福建省高校生均事业费拨款偏低。2010年，福建省地方普通高校生均预算内教育事业费为6667元，比全国平均水平低2922元。根据财政部、教育部有关规定，2012年底地方普通本科高校生均拨款水平不低于1.2万元。但根据测算，省属高校生均拨款水平约8000元，部分设区市高校还不足5000元，而有些高职高专目前只有2500元。
此外，虽经化债，但不少高校仍然债务负担沉重，特别是一些高校校内拆借数额较大，而这部分债务又不在化债范围内，还有的高校化了旧债又借新债。
民办高校仍是薄弱环节。福建省民办高校共有35所，占全省高校总数的40%，但学生数仅18.5万人，只占全省高校学生总数27.5%，民办高校生均数只有3000人。民办高校还存在内部管理机制不健全的问题，如有的学校董事会领导下的校长负责制还没有真正建立起来，董事会有名无实，董事长或理事长、校长职责不够明确，内部管理中监督乏力，出资人一人说了算的情况比较普遍，家族式管理的弊端还未得到明显克服。
报告建议：提高高校生均拨款水平
针对存在的问题，报告指出，省、设区市政府及有关部门和各高等学校要抓住契机，进一步推进高等教育法的全面实施，不断提高人才培养水平，提升科学研究、社会服务和文化传承创新能力。
报告建议，严格控制新批高校，注重资源整合、改善结构、优化布局，稳定本科和高职招生总数，适当提高研究生招生人数。要采取措施提高高校生均拨款水平，争取尽快达到财政部、教育部规定的本科生最低拨款标准，同时相应提高高职高专生均拨款标准，适度扩大工科专业生均拨款系数。此外，有关部门在充分调研的基础上修订出台符合当前实际的本科生收费标准。
报告还建议，加强对民办高校的宏观管理和政策支持，建立民办高校风险防范机制和退出机制，对个别民办高校因生源下降可能产生的关闭或撤并以及举办者资金链断裂、抽取办学资金等风险问题高度关注，及时做好防范和预案工作。
