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福建农林大学基因组中心解决同源高倍体组装难题

fj005 2019-08-21
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近日,我校基因组与生物技术研究中心(下文称:基因组中心)发表了题为“Assembly of allele-aware, chromosomal-scale autopolyploid genomes based on Hi-C data”的研究论文,该项研究成果于2019年8月5日在线发表于国际著名学术杂志《自然·植物学》,我校为文章的第一作者单位和通讯作者单位。基因组中心张兴坦副教授为论文第一作者,唐海宝教授为论文通讯作者,基因组中心明瑞光教授、科研助理张晟铖,植物保护学院赵茜博士参与了该项研究工作。

同源多倍体指的是同一物种经过染色体加倍形成的多倍体,在植物界比较常见,农业育种上有重要应用价值。然而,同源多倍体基因组的组装却是世界性难题。虽然近期发展的染色质构象捕获(Hi-C)技术为染色体水平的组装提供了便利,但组装同源多倍体或者近期加倍的异源多倍体时,这一技术仍然面临着很大的挑战。目前除甘蔗基因组以外,尚没有其他同源多倍体基因组可以准确组装到染色体水平,这是由于多倍体基因组内多个单倍型之间存在很高的序列相似性。当用Hi-C技术挂载染色体时,同源染色体之间的Hi-C交联信号会将序列相似度极高的等位片段连接在一起,导致同源染色体被错误地连接到一起,形成大量嵌合的组装。

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