福建中医药大学中医学院现有中医基础理论、中医诊断学、中医医史文献、中医临床基础等4个学科，下设中医基础理论、中医诊断学、内经、伤寒、金匮、温病、各家学说、医学史、医古文等9个教研室。成立了中医证研究基地、中医药文化博物馆、中医经典研究室、医易文献研究所等4个发展平台。现有4个硕士学位授权点，2个省级重点学科，1门国家级精品课程，5门省级精品课程，9门校级精品课程。
中医学院拥有一批在海内外享有盛名的老教授和一批朝气蓬勃的中青年专家、学者。现有省级教学团队1个，客座教授3名，教授13名，副教授7名，博士生导师2名，享受国家政府特殊津贴1人；荣获福建省百千万人选3人, “全国师德先进个人”1人，福建省“教学名师”2人。
目前，中医学院在研国家自然科学基金科研项目4项，973子项目课题2项，十五攻关子项目课题1项，厅级以上各类重大重点课题60余项的科研工作。近10年全系教师共发表高水平学术论文400余篇，获得各级科学技术成果奖20余项。
中医学院大胆进行教学改革，提出“拓展基础、博学人文、强化经典、提升技能”的办学理念，逐渐形成以讲中医经典为主的教学特色，积极探索具有中医传承特色的“师承班”、“经典班”教学模式。2009年，“中医师承人才培养模式创新实验区”被教育部评为2009年度人才培养模式创新实验区建设项目之一。
中医学院目前有中医学专业，包括七年制本硕连读、五年制中医医疗与英语方向。在中医学专业的内涵建设中，设有文科班、师承班和经典班。
