2003年,根据《教育部关于做好2003年普通高等学校招生工作的通知》中"关于2003年起在部分高等学校开展自主选拔录取改革试点工作"的决定,清华大学首次开展自主招生工作,并一直延续至今。清华大学自主招生主要招收具有学科特长和创新潜质的优秀高中毕业生。考生需经过申请、初评、初试、复试等清华大学组织的测试选拔环节,通过测试并被认定的考生可获得清华大学给予的在高考录取中享受一定分值降分录取的政策,并将有机会被邀请参与后续特殊培养环节。
目前,自主招生包含三个类型。其中“类型1:学科竞赛类”主要面向具有各学科竞赛突出特长的学生;“类型2:研究创作类”主要面向在科技发明、研究实践、文学创作、创意创新等方面具有突出表现的学生;“类型3:突出才能类”主要面向在语言、逻辑、智力、记忆、国学等方面具有特殊天赋或才能的学生。