浙江海洋大学
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海洋科学与技术学院刘炳舰等近期在TOP期刊《Zoological Research》发表题为“Chromosome-level genome assembly of the dotted gizzard shad (Konosirus punctatus) provides insights into its adaptive evolution”的研究论文，公布了斑鰶首个高质量基因组并筛选到一些可能的适应性进化基因。
本论文首次测序组装获得了斑鰶染色体水平高质量基因组。斑鰶(K. punctatus)是一种重要的海洋渔业资源，广泛分布于从印度洋到太平洋的海域，在海洋生态系统中发挥着重要的作用。本研究利用Illumina、Pac-Bio和Hi-C技术测序并组装了一个800.00Mb的斑鰶基因组，其中contig N50长度为2.14Mb;组装的序列均锚定到24条染色体上。基因组内共预测到24,298个蛋白质编码基因，其中功能注释的基因占91.08%，而且，有565个假定基因被识别为受到了正选择作用，可能与其对温度或盐度等环境因子的适应性进化相关。本研究为斑鰶的群体遗传学，以及该物种的开发利用和管理保护研究工作提供了重要分子遗传基础资源。
A：斑鰶的全基因组Hi-C热图;
B：斑鰶的基因组特征(包括基因组信息、GC含量、reads分布、SNP及InDel分布等);
C：斑鰶与其他10种鱼类的系统发育树。
刘炳舰博士是本文的第一作者，吕振明教授为本文的通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、浙江省自然科学基金和舟山市科技局专项基金等项目的支持。
