抗日战争期间，北京大学、清华大学和南开大学合并为西南联大，历史系亦并入西南联大历史系。新中国成立以后，南开大学历史系先后建立中国古代史、中国近现代史、世界史3个教研室，并设明清史、美国史、日本史和拉丁美洲史4个研究室。1979年，以4个研究室为基础设立了历史研究所，在此前后，历史学系陆续设置中国史、世界史、博物馆学3个本科专业。2000年，历史学院成立，对原有机构进行了合并调整，下设历史学系、世界史学系、文物与博物馆学系、历史研究所、古籍文化研究所、中国近现代史研究所、美国历史与文化研究中心、拉丁美洲研究中心、文献资料中心和历史学现代教育技术研究中心等。
近20余年来，南开大学历史学教学和研究发展迅速。1981-1986年间，中国古代史、世界地区国别史、中国近现代史和史学史4个历史学二级学科先后被国家教育部批准为博士学位授予单位。1988中国古代史、中国近现代史和世界地区国别史3个二级学科同时被教育部确定为国家重点学科；2007年，与北京大学同时成为历史学国家一级重点学科，即院内所有学科均为国家一级重点学科。此外，历史学系（含中国史和世界史）1994年首批成为“国家基础学科人才培养和科学研究基地”。1996年，历史学科成为国家教育部“21l工程”首批立项重点建设的学科。1998年，历史学科被教育部确定为一级学科博士学位授予权单位。1999年初，历史学科建立了博士后流动站。2002年和2004年，“南开大学中国社会史研究中心” 和“南开大学世界近现代史研究中心”先后被确定为全国高校人文社会科学重点研究基地。2004年，南开大学又成立“世界现代化进程研究”和“中国思想与社会研究”两个哲学社会科学创新基地，被教育部批准为“985”二期重点建设项目。
历史学院名师辈出，师资力量雄厚，年龄结构合理，既有学贯中西、国内外知名的老一代学者，又有精力旺盛、学术成果丰硕的中青年专家。目前在岗专职教师90人，其中有教授42人(博士生导师38人)，副教授34人，教育部（跨）新世纪人才6人，全国青年教师奖获得者1人。45岁以下教师占全院教师总数的50％，具有博士学位的教师占教师总数75%以上。他们之中不少人在国内学界享有很高学术声望，10多名教授担任全国性学术团体会长、副会长职务。
学院拥有国内一流的教学科研设施和先进的现代化教学实验设备，图书资料中心藏有中、英、日、俄、韩、希腊文书刊12万种（册），另有电子图书、音像资料、微缩胶片等各类资料数百种。资料中心、电子阅览室、计算机房、网络中心、多功能厅、语音实验室、博物馆、文物标本室等对各层次学生全面开放。
学院教学体系完整，课程设置合理、人才培养质量高。目前，学院所设博士学位和硕士学位培养方向覆盖了历史学的所有二级学科，包括了史学研究领域的主要方向。历史学、世界历史专业每年应届毕业生保研率为33%，全院研究生录取率约50%。学院科研学术实力雄厚，科研成果丰硕，近5年本院教师共承担国家级社科项目20余项，省部级项目40余项，出版学术著作、教材、工具书、译著等百余部，发表学术论文千余篇，其中一批成果在国内外学术界引起重大反响，获得省部级以上科研、教学奖励70余项。
经过80余年的发展，历史学院已经形成了古今贯通、中外并茂的学术特色，并形成了一批优势方向。其中，中国史方面的优势方向有先秦史、隋唐史、元史、明清史、中国社会史、思想文化史、史学理论与史学史、华北区域史、北洋军阀史、近现代政治制度史等；世界史方面的优势方向有日本史、美国史、拉美史、古希腊罗马史、拜占廷史、国际关系史等。近年来，又陆续开辟了生态环境史和疾病医疗史等前沿领域，发展势头良好。
历史学院十分重视国内外学术交流活动的开展，近年来先后举办数十次国际学术研讨会和全国性学术会议，不仅与国内数十所高水平的大学与科研院所的相关学者有密切合作，而且与美、英、法、德、俄、希腊、澳、日、韩、加等世界主要国家及港台地区数十所大学和科研机构保持着频繁的学术交往关系，每年都有一批学生出国交流深造。
学院是中国重要的历史学人才培养基地，现有历史学（中国古代史、中国近现代史）、世界历史（世界史、国际文化交流与涉外事务方向）、文物与博物馆学（博物馆现代化管理、文物鉴定、文物古迹与历史文化资源开发方向）3个本科专业，主要培养教学科研人员、文化工作者和相关行业部门所需专门人才。其中前中国史和世界史专业的毕业生多数就业于高等院校、科研机构、新闻出版单位、党校、党政机关、外事外贸部门、对外文化宣传部门、三资企业和城市建设规划部门等；文物与博物馆学专业毕业生则主要到国家和各省市博物馆、文物考古研究机构及其他文化部门工作。
历史学专业
主要课程有：中国古代前期史、中国古代后期史、中国近代史、中国现当代史、史学概论、中国史学史、世界上古中古史、史学写作、历史文选、文物考古学概要、历史学电子资源应用、中国经济史、中国生态环境史、历史地理、中国婚姻家庭史、中国风俗史、中国社会史、中国近世疾病医疗社会史、中国近现代政治制度史、中国近代社会转型研究、中美关系史、中日关系史、文化大革命史等。
2008年该专业毕业生升学、就业率达87%，其中保送、考取研究生或出国比率达50%以上。
世界历史专业
主要课程有：中国古代前期史、中国古代后期史、世界上古中古史、世界近现代史、中国史学史、外国史学史、政治制度史、政治思想史、文化史、社会史、外交史、世界地区国别史、国际关系史、国际政治史、世界宗教、国际文化、世界商务史、国际礼仪、专业外语、口语、应用英语翻译等。该专业重视外语教学，常年聘请外国专家任教。
2008年该专业毕业生升学、就业率达88%，其中保送、考取研究生或出国比率达50%以上。
博物馆学专业
主要课程有：中国通史、世界文化史、考古学通论、文物学概论、博物馆学概论、博物馆陈列艺术、博物馆藏品保管、物质文化史、古器物学（青铜、陶瓷、玉器）、古文字学、陈列应用与制作技术等20余门。该专业重视实践性教学，学生实习活动较多，通过实践活动能够较好地掌握专门技术，获得从业经验。
2008年该专业毕业生升学、就业率达90%，其中保送、考取研究生或出国比率达30%。
