北京协和医学院是以小规模、高层次、高质量为宗旨，以培养八年制医学博士为重点。自建校以来，八年制临床医学专业坚持实行小规模、严要求，预科、本科分段教学，导师制等独特的培养模式，在我国医学教育体系中独树一帜。
北京协和医学院的高等护理教育创办于1920年，培养了一大批高级护理人才，她们已先后成为我国护理界的领导和中坚力量，我国第一个南丁格尔奖章获得者就出自协和医大。1995年经国家卫生部批准，学校建立了全国首家护理学院，使护理教育有了新的发展。当前，护理教育已形成研究生、本科生、专科生和成人教育等多层次的教育体系。
学校具有雄厚而系统的科研实力及诊治疑难重症的临床医疗能力，学科领域广泛，覆盖基础医学、临床医学、预防医学、药学以及与医药学科相关的生物、物理、化学等基础学科。院校设有18个研究所（以及2个分所）、5所分院、7所临床医院（含与北京市共建的天坛医院）、5所学院；现有18个国家重点学科，18个国家级工业试验基地及中心，4个国家重点实验室，8个部委级重点实验室，6个博士后科研流动站，10个世界卫生组织合作中心。现有博士学位授权学科专业点49个，硕士学位授权学科专业点52个。建校以来科研成果显著，已取得1,666项科技成果，获国家级科技成果奖191项、省部级科技成果奖759项。1992－2000年发表由SCI收录的论文计1,114篇，位于全国医学院校之首。
院校拥有一大批在医学卫生领域内经验丰富、学术水平较高并做出杰出贡献的著名专家、教授。现有中国科学院院士11人和中国工程院院士15人（其中1人兼两院院士），国家级和部委级有突出贡献的中青年专家84人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授12人，院校特聘教授11人，博士生导师335人，硕士生导师540人。
学校的基础医学院学科门类齐全，主要承担国家医学基础理论研究和基础医学的教学。现有基础医学各学科教研室和研究室15个，开展高水平、多学科的学术研究，并与教学密切结合，每年承担科研项目逾百项。
学校的临床医学院——北京协和医院，是闻名国内外的集医疗、教学和科研为一体的综合性医院，是国家卫生部指定的“全国疑难重症技术指导中心”之一，并承担着大量的外宾和高干医疗保健任务。作为协和医大临床教学和实习的基地，医疗、教学、科研的力量雄厚，设有31个临床和医技科室，70多个研究实验室，11个中外合作研究中心，每年承担国家级和部委级科研项目百余项。此外，医院还保存有数百万份病案，是总结临床经验和从事科学研究的无价之宝。
学校所属的肿瘤、心血管、血液病、皮肤病和整形外科医院是全国最大、技术最先进的专科医院，它们和协和医院一起是培养硕士生、博士生的临床训练和科学研究的重要基地。
学校的研究生教育始于1954年，文革期间中断，1978年重新恢复。自1981年国家实行学位制度以来，学校研究生教育有了较快的发展，是全国首批具有博士学位和硕士学位授予权的单位，研究生教育实行以培养博士生为主的方针，目前在校的博士、硕士比例为1:1.04。
1984年学校成立了夜大学，1998年更名为成人教育学院，现有本科、专科两个层次的多种学历教育体系，旨在为在职人员提供继续教育的多种途径。
学校十分重视国际学术交流和科技合作，与数十个国家（或地区）的医学院校和科研机构建立了科技、教育、医疗合作关系，已有200余名国外专家、学者被授予协和医大名誉教授或客座教授称号。自1985年以来，学校相继与美国哈佛大学医学院、澳大利亚西澳大学医学院和美国加州大学旧金山分校医学院、香港中文大学医学院、香港大学医学院、澳门镜湖护理学院签订了校际交流的协议，互相交换高年级学生到对方学校进行短期临床学习。为加强国际间的交流，扩大我校在国际上的声誉，自1993年起学校获准招收外国自费留学生，1997年起又获准招收我国台湾、香港、澳门地区学生，先后有美国、加拿大、新西兰、马来西亚、印度尼西亚、英国和台湾、澳门地区的学生来校学习。
北京协和医学院在我国医学教育领域具有独特的地位和重要的社会影响力，学校鲜明的办学特色，优良的办学传统和丰富的办学经验，使其在教学上以高标准、严要求而著称，以培养具有真才实学、学风严谨、医德高尚、医术精湛的医教研复合型人才而闻名。几十年来，学校培养和吸纳优秀人才，创造和凝聚现代科学思想，造就了象张孝骞、林巧稚、吴宪、汤非凡、诸福棠、黄家驷、钟惠澜、胡传揆、陈敏章、聂毓婵、王琇瑛、吴阶平、邓家栋、吴英恺、方圻等一批中国医学界巨匠，为我国医学事业培养了一大批享誉国内外的著名临床医学家、医学科学家、医学教育家、护理学家和医政管理家，可谓人才济济，硕果累累，对我国医学教育和医学科学事业的进步和发展发挥了积极的推动作用。
2002年9月教育部、卫生部两部领导签署了清华大学与中国协和医科大学紧密合作，共建“清华大学北京协和医学院”的协议。通过两校的强强合作，清华大学雄厚的基础学科综合优势和优良的学术氛围，与中国协和医科大学在医学领域中强大的科学研究和临床医学实力，将得到充分地发挥。今后两校将携手共进，为创建世界一流的医科大学而共同努力。
