学院拥有济宁和日照两个校区，占地总面积1686亩，校舍建筑总面积36多万平方米，藏书100万册，中外文期刊2000余种，教学、科研仪器设备总值1.76亿余元。济宁校本部坐落在孔孟之乡、礼仪之邦、素有江北小苏州之称的济宁市。日照校区坐落在黄海之滨、素有“东方夏威夷”之称的日照市，整个校区依山傍水，藏风聚气，汇脉纳川，卧虎蛰龙。日照校区占地1426亩，校舍建筑面积为17万多平方米。
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学院现有临床学院、公共卫生学院、护理学院、精神卫生、药学院、信息工程学院、管理学院、成人教育学院8个院系和基础医学部、实践教学部2个部，下设65个教研室，10个研究所和18个研究室。其中，职业卫生与环境医学实验室 、行为医学实验室为山东省重点实验室。学院现有8所附属医院、90多个实践教学基地。
50年来 ，学院以教学为中心，以教学质量为核心，积极深化教学改革，大力推进素质教育，教学效果明显提高。近几年来，我院本科应届毕业生考研率一直保持在30%左右，我院大学生四级英语考试和计算机文化基础考试，也均取得优异成绩。
学院在搞好教学工作的同时，还积极开展科研工作，自1987年以来，共开展科研课题776项，取得科研成果662项，在国内外各种学术刊物上发表学术论文7282篇，出版专著798部，出席各级各类学术会议3166人次，交流论文1201篇。50多年来，学院在振动病、行为医学、流行性出血热、肿瘤分子病理与免疫病理、血液稀释治疗心脑血管疾病等方面的研究，已达到国际或国内先进水平，形成了自己的科研特色和优势。
在近两次教学成果评选中，学校共获得国家级教学成果二等奖2项，省级教学成果奖8项,其中一等奖3项；现有省级精品课程4门，省级教学改革试点课程4门，山东省普通高等学校实验教学示范中心1个；“十五”以来，主参编教材105部，其中主编教育部普通高等教育“十一五”国家级规划教材3部，高等院校规划教材5部；学生在“挑战杯”科技竞赛活动中，共有24项作品90人次获得省级以上奖励。
学校多次组团赴韩国、日本、英国、美国、加拿大、澳大利亚、瑞典和港澳台等国家和地区进行友好访问和学术交流，与澳大利亚南岸学院、美国俄亥俄州大学、瑞典卡罗林斯卡医学院等10余所国外高校和科研院所建立了合作关系。先后邀请30多名国际知名专家学者举办学术讲座，坚持每年聘请2－3名外国文教专家来校任教，对外交流与合作日益广泛和深入。
学院十分重视社会主义精神文明建设，已连续21年被评为“济宁市精神文明建设先进单位”，连续19年济宁医学院被评为“山东 省精神文明建设先进单位”，1996年被授予“山东省文明学校”光荣称号。
学院自1952年建校以来，已为国家培养医疗卫生专业技术人才二万余人，普遍受到用人单位的好评，许多毕业生已成为医疗卫生战线上的骨干力量，为我国医疗卫生事业的发展做出了积极贡献。
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