内蒙古医学院作为国家第一个五年计划确定的156个重点建设项目之一，由时任国务院副总理、内蒙古自治区党委第一书记、人民委员会主席乌兰夫同志主持选定校址，1956年兴建，当年建成并招生，是新中国在少数民族地区最早建立的高等医学院校之一，当时隶属于国家卫生部，1958年划归内蒙古自治区管理。经过50多年的建设和发展，内蒙古医学院为国家培养各级各类人才2万余名，为自治区经济发展、社会进步、科技创新、民族繁荣做出了重要贡献，已成为一所具有鲜明办学特色的地方高等医药院校。
学校现有主校区、东校区两个校区，占地107.02万平方米，建筑面积32.03万平方米，教学行政用房面积17.24万平方米，教学科研仪器设备总值5744.42万元，各类图书文献105.68万册（种）。
目前，学校设有基础医学院、临床医学部、中医学院、蒙医药学院、药学院、护理学院、公共卫生管理学院、公共教育学院、医药应用技术学院、研究生学院、图书馆等11个教学单位，有5所附属医院（3所为直属附属医院，2所为非直属附属医院）。学校现有21个本科专业，其中临床医学、中医学、蒙医学、药学、中药学等5个专业为自治区品牌专业。学校从1956年建校时即开始招收本科生，现有全日制在校生10315人。其中普通本科生5776人、预科生38人、硕士研究生707人、留学生82人。本科各专业面向国内23个省（市、自治区）招生。
学校自1978年开始招收研究生，1981年获得硕士学位授权资格，现有21个硕士学位授权学科，具有同等学力人员申请硕士学位的授权资格，2003年获准成为临床医学硕士专业学位培养试办单位。现有6个自治区临床医学领先学科、4个自治区临床医学重点学科、1个自治区重点实验室、5个自治区卫生系统基础医学和预防医学重点实验室、3个自治区实验教学示范中心。自治区蒙医药研究院、心血管研究所、骨科研究所、GLP实验室和内蒙古蒙医药博物馆设在内蒙古医学院。目前，学校与北京中医药大学和首都医科大学联合培养蒙医学、中西医结合、影像医学与核医学、外科学和细胞生物学5个专业的博士研究生。
学校现有专任教师760人。其中，博士42人，硕士403人；硕士及以上学位人员占58.55%。全校师资总数为730人。其中，教授82人，副教授146人；副高以上职称人员占31.23%。学校有兼职博士生导师5人，硕士生导师374人，享受政府特殊津贴专家57人，国家和自治区有突出贡献的中青年专家23人，国家“新世纪百千万人才工程”第二层次人选1人，自治区“新世纪321人才工程”第一、二层次人选14人，自治区高等教育“111人才工程”第一、二层次人选10人。聘请国内外名誉教授48名。
2004年以来，学校先后承担各级各类科研项目379项（ 其中国家自然科学基金项目12项 ），获科研经费3000多万元，获省部级以上科技进步奖27项。经自治区卫生厅批准，28项卫生科技成果在全区推广。全校获省部级以上教学成果奖22项。
学校主办的《疾病监测与控制》是中华预防医学会系列杂志，出版的《内蒙古医学院学报》被教育部科学技术司评为“中国高校特色科技期刊”，被中国科学技术信息研究所确定为“中国科技论文统计源期刊”。
2003年以来，3所直属附属医院共投资6亿多元，完成10万多平方米的病房大楼、门诊大楼等基础设施建设。学校在区内外有24所临床教学医院，其它专业的31个实践教学基地分布在制药企业、药检所、疾病预防控制中心及科研院所。
学校一贯坚持开放办学，重视与国内外高校的交流与合作。学校与北京大学、 北京中医药大学、中国军事医学科学院、首都医科大学等高等院校建立了长期的合作关系；与日本、美国、英国、澳大利亚、俄罗斯、蒙古等国家和地区的多所医药院校或科研单位开展了多层次、多领域的学术交流与合作。
内蒙古医学院作为一所地方高等医药院校，在党的领导下，高举中国特色社会主义办学旗帜，肩负着为民族地区培养应用型医药卫生高级专门人才，开展医药科学研究，服务经济社会发展的崇高使命，得到了党和国家及自治区领导的重视和关怀。领导们给学校的题词寄托了他们对学校的殷切希望，刘云山同志题词“培育白衣天使，服务各族百姓”；布赫同志题词“发展医学教育事业，提高人民健康水平”；乌云其木格同志题词“育人育医衔远志，学中学西扶苍生”；连辑同志题词“艰苦耕耘五十载，励精图治谱新篇”。近年来，党和国家领导人布赫、乌云其木格，教育部领导周远清，自治区领导杨晶、巴特尔、乌兰、连辑等先后多次来校视察和指导工作，对学校的改革、建设和发展成就给予了充分的肯定。
