建校以来，学校坚持规模、结构、质量、效益协调发展，办学水平不断攀升。学校的办学定位是建设特色鲜明、国内先进水平的教学研究型医科大学。2006年10月，学校成功地举办了以“人文、学术、创新”为主题的80周年校庆，成立校董事会和校友联谊会。学校将现代著名教育家蔡元培先生专门为学校前身东南医学院毕业生的题词“好学力行，造就良医”，确立为新校训。在80年历史传承的基础上，对学校办学传统和办学理念进行提炼。育人方针是“德智体美，全面发展；医德医术，至善求精”，育人理念是“兴国、仁爱、博学、求精”，育人途径是“人文与医学融通，传统与现代融会，好学与力行融合”。目前，全校上下形成了“求真、求精、求新”的校风学风，成为支撑和推动学校发展的强大动力。共为社会培养医学人才35095人，其中本科生17205人，专科生6432人，硕士生934人，博士生52人，各类成人教育学生10472人。
学校现有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院（安徽省口腔医院）、卫生管理学院、护理学院、药学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、临床医学院、第一临床学院（第一附属医院）、省立临床学院（附属省立医院）、第二临床学院（第二附属医院，在建）、第三临床学院（附属合肥市第一人民医院）、人文社会科学学院、公共课程部、医学检验系、医学影像系、麻醉学系、医学心理学系、医学美容系共20个直属教学机构。有91个教研室，19个
第
学校拥有第一附属医院、附属省立医院、附属合肥市第一人民医院、附属口腔医院、第四临床学院（合肥市第二人民医院）、第五临床学院（六安市人民医院）、杭州临床学院（杭州市第三人民医院）、解放军临床学院（解放军105医院）、精神卫生临床学院（合肥市第四人民医院）等30余家临床教学实习医院；拥有合肥市疾病控制中心等预防医学、卫生管理及其他专业实践教学基地40余家；分布于本省各市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东等省市。
学校设有临床医学（七年制）和临床医学（五年制）、口腔医学、预防医学、基础医学、生物技术、麻醉学、医学影像、医学检验、护理学、妇幼卫生、卫生事业管理、医疗保险、医药信息与计算机应用、全科医学、康复治疗学、医学心理学、临床药理学、药品监督与管理、药品营销、医事法学、食品质量与安全、医学美容共23个本科专业（方向）。有临床医学、医学检验技术、护理学3个三年制专科专业（方向）。设立了药理学、皮肤病与性病学、老年医学、流行病与卫生统计学、免疫学、内科学、神经病学、儿少卫生与妇幼保健学8个博士学位授权学科和63个硕士学位授权学科，具有临床医学专业硕士学位和公共卫生专业硕士（MPH）学位授予权。有药学、临床医学2个博士后科研流动站。拥有药理学、皮肤病与性病学、老年医学、流行病与卫生统计学、病原生物学、外科学（普外）和内科学（消化系病）等7个省级重点学科；20个省级临床医学重点学科，7个省级临床医学重点扶持学科；2个省级重点实验室（安徽省基因研究重点实验
在校生共12562人，其中博士生112人、硕士生1243人、本科生9766 人、专科生1441人。学校获准招收港澳台地区本科生、研究生和外国留学生。
全校现有教职医护员工4837人，其中正高职称714人，副高职称1157人，博士197人，国家 " 百千万人才工程 " 第一、二层次人选4人，教育部骨干教师3人，省学术和技术带头人109人，省高校学科拔尖人才18人，省高校中青年学科带头人45人次，省高校优秀中青年骨干教师86人次，省卫生系统学术技术带头人172人，享受国务院及省政府特殊津贴333人，教师中有46人次担任国家医药类本科规划教材的主编、副主编或编委，1996年以来获得省部级以上模范称号23人。
学校图书馆和各学院、各附属医院分馆藏书72万册，中外文印刷期刊及网络电子版期刊 20000余种，为全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆，校园网联通中国教育科研网和国际互联网。
学校成立了临床药理、生物医学、老年病、立体定向神经外科、心血管病、肿瘤防治、皮肤病、基础医学、预防医学、临床医学、口腔医学、卫生事业管理、医学哲学等46个省、校级研究所。建有安徽省医学实验动物中心。近5年来，承担包括国家 "863""973" 计划、火炬计划、国家自然科学基金和国际合作项目等各类科研课题963项，争取纵向科研经费3338万元，85项成果获得奖励，出版著作166部，发表科技论文4700多篇，其中SCI 收录论文345篇。编辑出版的国家级及面向全国发行的期刊有《安徽医科大学学报》、《中国药理学通报》、《临床与实验病理学杂志》、《疾病控制杂志》等 15种。
