学校是国务院学位委员会首批具有学士、硕士学位授予权的高校之一。1998年通过教育部本科教学工作合格评价；1999年通过省教育厅的本科教学评议；2002年通过省基础课教学实验室评估。
学校是以医学为主体，相关学科协调发展的高等医学院校。现设有临床医学、护理学、法医学等17个本科专业,9个专科专业。研究生教育设有15个硕士学位授权点，基本涵盖了基础医学和临床医学各科室。设有10个实验中心。
学校拥有一支结构合理、素质良好、水平较高的师资队伍。现在职教职医护员工2102余人，其中有正高职称120人，副高职称317人，享受政府特殊津贴49人。
学校办学规模稳步扩大，人才培养层次逐步提升。至2007年8月底，全日制在校生8672人，其中本科7135人；专科438人；硕士研究生245人。毕业生就业率均处在省属高校前列。建校以来为社会培养了2.1万名医疗卫生人才。1984年至1997年与原地质矿产部联合办学14年，毕业生遍布全国各地。
学校办学条件完善，服务设施完备。占地936亩，各类建筑面积33.19万平方米，拥有现代化教学楼、图书馆、实验楼、学生公寓、学生活动中心等教学设施及多功能体育馆、足球场、篮球场、排球场等体育设施。建有完备的校园计算机信息网络。
学校重视教学科学研究，教学科研仪器设备先进。现拥有省级精品课程7门，省基础课实验教学示范中心1个。主办《皖南医学院学报》、《中国临床药理与治疗学》两种刊物，面向国内外发行。
医学院坚持教学和科研两个中心，共设有56个教研室、20个实验室和10个研究室（所）。还设有人体解剖学实验中心、形态学实验中心、机能学实验中心、病原生物学实验中心、预防医学实验中心、电化教学中心和计算机网络中心等。学院在定量药理、细胞电生理、生殖医学等研究领域在国内具有一定优势和特色。有多项科研成果获得省、部、国家级奖励，其中有些项目的研究达到国内先进水平。
皖南医学院正式出版发行《皖南医学院学报》、《中国临床药理学与治疗学》杂志向国内外公开发行。图书馆实用面积达3250平方米，藏书30万册，中外、文期刊3万余册。
附属医院、教学医院有两个数据：
1、医学院有教学(实习)医院58所,其中附属医院8所（直属附院1所）和46家专业实践教学基地。
2、医学院设有附属医院2所，教学、实习医院23所。
直属附院——安徽弋矶山医院，是创建于1888年的教会医院，培养了一批医学专家，是安徽省第一家西医院、首批三级甲等医院，为皖南及皖江地区的医疗、教学、科研、预防中心，教学编制床位1500张，实际开放床位1200张。详见相关词条。
非直接领导的附属二院（宣城地区医院,现地处安徽芜湖市,宣城地区二院在安徽宣城,现已更名为宣城市人民医院），始建于1949年，前身系中国人民解放军皖南军区医院，批准病床401张（实有床位532张）。
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