蚌埠学院（筹）成立后调整了机构设置，将三校原有55个二级机构合并重组为34个二级机构；把转变教育观念、找准办学定位、理清发展思路作为牵动全局的重要任务来抓。经全院上下充分酝酿讨论，结合省内外专家的意见和建议，形成蚌埠学院总体发展思路：
1、指导思想：以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，认真落实科学发展观，全面贯彻党的教育方针，以育人为本，以学生为主体，以教学为中心，不断深化教育教学改革，大力加强教学管理，积极开展科学研究，努力提高教育教学质量和科研水平，把蚌埠学院建成在省内有一定影响和办学特色的地方本科院校。
2、服务面向和培养目标定位：立足蚌埠，服务周边，为蚌埠市及安徽省经济建设、社会发展，特别是机械电子、轻工化工、食品医药等行业培养应用型高级专门人才。
3、类型和层次定位：教学型普通本科院校。
4、学科专业定位：以工为主，工学、人文学科、理学、管理学、社会学科多学科协调发展。
5、办学规模：
2006年：全日制在校生6500名；
2007年：全日制在校生6850名，其中本科生800名；
2008年：全日制在校生7200名，其中本科生2100名；
2009年：全日制在校生7600名，其中本科生3900名；
2010年：全日制在校生8000名，其中本科生6200名。
依据上述总体发展思路，修订完善了《蚌埠学院2006～2010年发展规划》和《蚌埠学院2006～2010年学科专业建设规划》、《蚌埠学院2006～2010年教师队伍建设规划》、《蚌埠学院2006～2010年实验室建设规划》、《蚌埠学院2006～2010年校园建设规划》、《蚌埠学院2006～2010年科研发展规划》、《蚌埠学院2006～2010年图书信息建设规划》6个子规划。依据上述规划，对各类教育教学资源进行重组，使之适应蚌埠学院筹建工作和学院未来发展的需要。
