学校有北校区、南校区、含浦新校区3个校区，占地面积1392亩，校园环境幽雅，风景宜人。下辖11个学院：第一临床医学院、第二临床医学院、中西医结合学院、药学院、人文信息管理学院、基础医学院、国际教育学院、湘杏学院、成教学院、高等职业技术学院；3个部：研究生部、社会科学部、体育工作部；10个研究所：中医诊断研究所、针灸经络研究所、中西医结合研究所、中药开发研究所、医史文献研究所、中医内科病研究所、中医外伤病研究所、中医五官科病研究所、药膳食疗研究所、高等教育研究所；7所附属医院：第一附属医院、第二附属医院、附属中西医结合医院、附属人民医院、附属第二中西医结合医院、附属常德医院和附属衡阳医院。6个中心：全国肝病中医医疗中心、全国眼底病中医医疗中心、全国皮肤疮疡病中医医疗中心、湖南中药超微工程研究中心、湖南国际针灸培训中心、现代教育技术中心。
学校现有1个国家重点学科：中医诊断学；3个国家中医药管理局重点学科：中医眼科学、中医外科皮肤科学、中医诊断学；7个湖南省重点学科：中医内科学、中医外科学、针灸推拿学、中医五官科学、中西医结合临床、中医基础理论、中药学；4个国家中医药管理局中医药科研三级实验室：病理生理实验室、血管生物学实验室、中药药理实验室、中药制剂实验室；11个国家中医药管理局二级实验室；3个省级重点实验室；1个SPF级动物实验中心。教学、实验设备先进，科研成果显著。近五年来，承担科研课题639项，国家“十五”科技攻关课题4项，国家“十五”重大专项3项，国家自然科学基金课题18项，教育部科研课题4项，国家中医药管理局科研课题23项，省级科研课题140项，与企业合作项目61项。共获得科技成果奖376项，其中国家级及省部级科技成果奖71项。学校办有《湖南中医药大学学报》和《湖南中医杂志》两种公开发行刊物，均为核心期刊和统计源期刊。图书馆藏书近99.67万册，期刊杂志2252种，拥有国家中医药文献检索中心。
