据2017年3月学校网站信息显示，山东医学高等专科学校共设有医学系、护理系、口腔医学系、医学检验系、药学系、医学影像系、基础医学教学部、社会科学与公共课教学部等10个教学系部，开设有22个高职专科专业，覆盖临床医学、护理、药学、口腔医学、医学管理、相关医学及医学技术类的大部分专业大类。
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| 教学系 |
专业名称 |
| 临床医学系 |
临床医学、眼视光技术、康复治疗技术、放射治疗技术
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| 护理系 |
护理、助产、涉外护理 |
| 口腔医学系 |
口腔医学 |
| 医学检验系 |
医学检验技术、卫生检验与检疫技术 |
| 药学系 |
药学、中药、药物制剂技术 |
| 卫生管理系 |
药品经营与管理、医用电子仪器与维护 |
| 医学影像系 |
医学影像技术 |
