南京医科大学是江苏省属重点高校。目前，学校设有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院、护理学院、医政学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、鼓楼临床医学院、国际教育学院、继续教育学院和高等职业技术学院等13个学院和１个独立学院——康达学院。在南京、常州、无锡、苏州、淮安、杭州等地拥有18所附属医院和30多所教学医院。
经过全校教职员工不懈努力和奋斗，学校学科建设水平显著提高。学校现有3个博士后流动站，拥有一级学科博士学位授权点3
“十五”期间，学校科研水平得到迅速提升。建成1个国家重点实验室培育基地、1个部级重点实验室、2个省部共建重点实验室、7个江苏省重点实验室和工程研究中心。承担省级以上研究课题530项，其中主持国家科技攻关项目1项，国家“863”项目3项，“973”项目3项，获得国家自然科学基金课题119项，是“九五”期间的4.4倍。获各类科技成果奖877项，其中国家级奖励3项，省部级奖112项。全校发表“SCI”论文数量由2001年的17篇增至2005年的100多篇，获得“全国百佳优秀博士论文”1篇。
学校拥有一支水平较高的师资队伍。现有教授150多人、副教授400多人，在编教职工1500多人，在编教师中有国家“新世纪百千万人才工程” 国家级人选1人，国家杰出青年科学基金获得者2人，享受国务院颁发的政府特殊津贴专家15人，获得“全国五一劳动奖章”1人，全国优秀教师3人，全国优秀骨干教师4人，卫生部突出贡献专家1人，省“有突出贡献中青年专家”15人，省“333工程”第二层次培养人选9人，省“青蓝工程”优秀学术带头人21人，省“六大人才高峰”7人，获得“霍英东教育基金会高等院校青年教师奖”4人。南京医科大学还是国家卫生部认可的全国进修基地和教育部批准接受留学生学习的高校之一，与南京大学、东南大学、南京农业大学一起成为江苏省高层次人才培养计划——“333工程”培训基地。
学校教育教学质量稳步提高。目前，学校共有各类全日制在校学生1万多人。2004年，国家教育部对南京医科大学本科和七年制教育教学工作进行全面质量评估，结果为双优成绩。学校现有2门国家级精品课程、20门省级优秀课程和2个省级优秀课程群，建成1个省级实验教学示范中心和2个实验教学示范中心建设点，有2个专业被列为省级品牌专业，1个专业被列为省级特色专业，有多部教材获国家和省级奖励。学校的招生和就业工作受到社会各界的好评，被评为“2004年江苏省毕业生就业工作先进集体”，多次获得江苏省“文明单位”、“文明学校”称号。
学校拥有良好的办学条件和基础设施。设有五台校区和江宁校区。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是科研和研究生教育中心。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1470亩，于2003年9月正式启用。学校图书馆藏书总量达94万余册，有中外文期刊4700余种，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。学校主办有《南京医科大学学报》、《临床皮肤病学》、《临床神经病学杂志》、《江苏医药》等11种学术期刊。数字化校园建设为教学、科研、管理和学习提供了极大便利。
近年来，南京医科大学开展了广泛的对外交流活动，积极与国内外的高等院校建立形式多样的联系与合作。学校先后与美国、日本、法国、澳大利亚等国家的医学院校或科研机构建立了双边合作、学术交流关系，并聘请了一批知名专家、学者担任学校名誉教授、客座教授。同时，学校还定期派遣教师出国交流访问、留学进修。学校于2002年开始招收留学生和港澳台学生，现有留学生和港澳台学生300多人。
七十年来，南京医科大学秉承“博学至精，明德至善”的校训精神，始终坚持“医学与人文融通、教学与科研并重、基础与应用结合”的办学理念，为国家培养了近2000名博士、硕士研究生和四万多名本科毕业生，他们大多分布在全国各地的医院、疾病控制中心、医学研究机构和卫生行政部门，许多毕业生已成为国内外著名医学专家和学者，为我国医学教育和卫生事业的发展做出了重要贡献！
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