建校之初，学校为落实毛泽东同志提出的“中医药学是一个伟大的宝库，应当努力挖掘加以提高”和当时国家的卫生工作方针，在浩如烟海的古籍中积极挖掘、整理和编写了新中国高等中医教育第一套教材和教学大纲，培养和输送了以董建华、程莘农为代表的第一批师资，接受并培养了第一批外国中医留学生，诞生了承淡安、叶橘泉等一批新中国中医药界最早的学部委员，为新中国现代中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“高等中医教育的摇篮”。
学校现设有基础医学院、药学院、第一临床医学院、第二临床医学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、翰林学院、高等职业技术学院、成人教育学院和国际教育学院（港澳台培训中心）等 12所学院；有省级教学实验示范中心建设点5个；有江苏省中医院、江苏省第二中医院、南京市中医院、常州市中医院、无锡市中医院、徐州市中医院、苏州市中医院和昆山市中医院共8所附属医院，以及中西医结合临床医学院（南京市鼓楼医院）1所；有教学医院近20所，教学及毕业实习基地近100个，实现了万人大学的规模。学校拥有15个本科专业，30余个专业方向，涵盖医、管、理、工、经、文等多个学科门类，初步形成了以中医药为主体，多学科相互渗透、优势互补、协调发展的办学格局，建成中医内科学、中医外科学等10余门省级以上优秀课程，温病学、中医儿科学还被列入国家精品课程，大批特色专业和品牌专业不断涌现，综合办学实力稳步发展。
学校同时也是世界卫生组织（ WHO）传统医学合作中心；是国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、临床药理基地、中国中医文献检索中心分中心；是国家教育部确定的国家基础学科理科人才培养与科学研究基地、首批获准接受和培养留学生及台湾地区学生的中医药高等院校之一。拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，15个博士点、19个硕士点，博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主要学科专业的教授评审权；还是国务院学位办、教育部、卫生部、国家中医药管理局授予的临床医学博士、硕士专业学位试点单位，具有在职人员申请硕士学位的授予权。学校还多次被评为江苏省文明单位、高校党建与思想政治工作先进单位和首批高校校风建设优秀单位。
南京中医药大学治学严谨，学术氛围浓厚。半个世纪以来，名家云集、人才辈出，涌现了一批又一批蜚声海内外的专家、学者和教授，他们作为一代儒医大家和高等中医药教育专家，一代代名师薪火相传，名师云集蔚然成景。近年来，该校又有 7人先后荣获“国家级教学名师”、“全国模范教师”、“全国先进工作者”、“全国师德先进个人”、“国家级突出贡献中青年专家”等多项国家级荣誉称号，3人被列为国家人事部“‘百千万'人才工程”培养对象，45人先后享受政府特殊津贴，数十人被评为“江苏省名中医”、“江苏省中西医结合专家”、“江苏省有突出贡献中青年专家”等荣誉称号，近百人先后进入江苏省“333工程”和“青蓝工程”等人才培养梯队，为该校名师园地再添新锦。
学校学风浓郁，近三年毕业生大学英语四级考试通过率持续超过 80%，六级考试通过率达到30%左右，医学类毕业综合测定（含毕业论文）成绩优良率超过80%，非医类学生毕业设计(论文)成绩优良率超过75%。在“挑战杯”、“创业计划大赛”等各类竞赛中获得8项省级以上奖励。就业形势稳步发展，2004年，该校普通本专科毕业生年终就业率达97%，研究生就业率更是超过98%，大批毕业生已经成为国内外各级各类医疗机构、科研院所、医药院校、政府机构和著名企事业单位的中坚骨干。招生工作稳步推进，今年学校新招普通本专科生3346人、硕士生361人、博士生90人，各类境外长期生约120人。
学校科研实力雄厚，是江苏省海洋药物研究开发中心、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省中药质量控制技术研究中心的挂靠单位。目前拥有 3个国家级重点学科、7个国家中医管理局重点学科建设点、3个江苏省重点学科、1个江苏省高校国家重点学科培育建设点，1个国家科技部规范化中药药理实验室、3个国家中医药管理局三级实验室、2个江苏省重点实验室和1个江苏省国家重点实验室培育建设点。科研成果硕果累累，近年来2项教学研究成果获得国家教学成果二等奖，81项科研成果获得厅局级以上各类科研成果奖，其中3项科研成果荣获国家科技进步三等奖、5项科研成果获国家中医药管理局级奖。仅今年半年间全校就入闱江苏省教育科学“十五”规划课题项目2项；通过省教育教学改革课题项目初审3项；申报国家级科技成果奖2项、中华中西医结合科技进步奖3项、中国中医药科技进步奖1项、省哲学社会科学论文论著奖6项；鉴定科技成果3项，申请发明专利4项。《南京中医药大学学报》是国际连续出版物、中国科技论文统计源刊、中国科技核心期刊、中国医学核心期刊、江苏省优秀期刊和江苏省一级期刊。学校图书馆是中国中医药文献检索中心分中心。由学校牵头编撰并担任总审定的《中华本草》，是对中医药几千年发展成就的系统总结，被李鹏同志誉为“当代《本草纲目》”。近年来，学校大批科技成果转化为现实生产力，为国家和地方经济发展做出了重要贡献，受到来校视察的李岚清等领导人的充分肯定。
学校坐落在历史悠久、山清水秀、人文荟萃的古都南京，拥有汉中门和仙林两大校区。其中，于 2002年大胆开辟的仙林新校区占地1500亩，对面为南京外国语学校仙林分校。仅用短短三年时间已完成了教学、实验、图书、行政办公、学生宿舍和生活设施用房等各类建筑418253平方米，综合科研大楼、药用植物园也即将启动，基本建成集生态型、数字化、园林式为一体、具有传统文化气氛和时代气息的新型大学园区。
南京中医药大学自建校之初就开展外国留学生教育，在校留学生数一直位居江苏省内各高校前列。 1994年与澳大利亚墨尔本皇家理工大学合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作开展中医学历教育之先河。目前学校与世界五大洲90多个国家和地区有着广泛的交流，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系。学校每年都有大批专家、学者应邀赴境外讲学、考察和进行科学研究，通过国际交流，弘扬中医药事业，扩大中医药在国际上的影响。美国唐氏工业基金会及香港朱敬文教育基金会在学校设立了奖、助学金，资助中医药高等教育。香港念慈庵奖教金及美国施祖谷奖教金也先后在该校建立。
经过“十五”的努力与发展，该校办学结构调整和办学规模扩大取得阶段性重大进展，办学活力显著增强，综合办学实力明显提升。面向“十一五”，该校将继续传承并进一步升华五十年办学优良传统和作风，不断坚定既定办学定位与发展目标，大力实施创新创优战略、质量立校战略、科学主体战略、科技兴校战略、人才强校战略、国际合作战略及社会服务战略，进一步深化内涵建设，着力提升办学质量，通过办学规模、结构、质量、效益协调发展，努力使学校成为具有研究教学型特质的“国际著名，国内一流”中医药大学，努力跻身全国具有特色的重点大学行列。
