历经多年改革建设，依托新的发展机制，南京财经大学的知名度迅速扩大，社会影响力逐步提升，办学实力明显增强，整体面貌焕然一新，实现了超常规、跨越式发展。
学校现设有经济学院、国际经贸学院、金融学院、财政与税务学院、会计学院、工商管理学院、营销与物流管理学院、管理科学与工程学院、法学院、食品科学与工程学院、信息工程学院、马克思主义学院、公共管理学院、新闻学院、外国语学院、艺术设计学院、应用数学学院、体育部等１８个教学院系（部），１个公有民办二级学院南京财经大学红山学院。共设有应用经济学硕士学位一级学科１个，政治经济学、西方经济学、国民经济学、区域经济学、财政学、金融学、产业经济学、国际贸易学、劳动经济学、统计学、数量经济学、国防经济学、会计学、企业管理学、国际法学、马克思主义基本理论、思想政治教育、英语语言文学、应用数学、计算机应用技术、食品科学、农产品加工及贮藏工程等硕士学位二级学科２２个，经济学、国际经济与贸易、财政学、金融学、贸易经济、保险、金融工程、税务、统计学、工商管理、市场营销、会计学、财务管理、人力资源管理、旅游管理、审计学、电子商务、物流管理、资产评估、管理科学、信息管理与信息系统、公共事业管理、劳动与社会保障、法学、社会工作、英语、新闻学、广告学、艺术设计、动画、数学与应用数学、应用化学、机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术、食品科学与工程、食品质量与安全、工业工程、生物工程等３８个本科专业和会计、烹饪工艺等专科专业，基本形成了经济学、管理学类学科齐全，法学、工学、文学、理学类专业相互依托，支撑配套的学科专业布局，在林立的江苏高校中拥有明显的结构优势。
学校拥有较为雄厚的教学、科研力量，现有在职教职工１７１９人，专任教师１０７３人，其中教授１５０人，副教授４３３人；教师中具有研究生学位的６８３人，其中博士２２０人。教师中有２３人获国家级有突出贡献中青年专家称号或享受国务院政府特殊津贴，５０余人获省部级专家、省级跨世纪学术带头人、优秀学科带头人、优秀青年骨干教师称号。
学校现有产业经济学、金融学、企业管理、统计学等４个江苏省重点学科；电子商务实验室和粮油品质控制及深加工技术实验室等２个江苏省重点实验室；产业经济学、统计学等２个江苏省高校优秀学科梯队。经济学类应用型人才培养模式创新实验区１个国家级人才培养模式创新实验区，食品科学与工程、统计学2个国家级第一类特色专业建设点。统计学、会计学、贸易经济等3个江苏省高等学校品牌专业，法学、经济学等2个江苏省高等学校品牌专业建设点；经济学、国际经济与贸易、金融学、市场营销等４个江苏省高等学校特色专业，食品科学与工程、电子商务、财政学等3个江苏省高等学校特色专业建设点。
近年来，学校教师主持、承担国家级、省部级科研项目３００多项，获得国家级、省部级优秀教学、科研成果奖１００多项，并多次成功举办高水平国际性学术研讨会和全国性学术研讨会。学校设有江苏产业发展研究院、粮食经济研究所、南京都市圈发展研究中心等２０多个学术研究机构和科研院所，校园学术氛围日趋浓厚。学校出版的《产业经济研究》为全国第一本产业经济领域的专业学术期刊，入选CSSCI来源期刊；《南京财经大学学报》为中国人文社会科学核心期刊、全国优秀社科学报、江苏省一级期刊。
学校设有中国粮食流通管理培训中心、国家粮食局粮油质量检测工程技术研究中心、经理学院、江苏省财税干部培训中心、广告设计事务所、科技开发服务部等社会服务机构，２００１年底，学校被国家经贸委确定为“十五”期间首批承担工商管理培训的５６所资格院校之一。近年来，学校为国家经贸委、财政部、国家粮食局、江苏省人民政府、南京市人民政府以及省内外各类企事业单位承担各种研究和咨询项目１００多项，培训干部７０００余人。学校工科专业产学研一体化步伐明显加快，开发的３０余项研究成果转让给相关企业，取得了较好的经济效益和社会效益。
学校先后与美国、英国、法国、加拿大、澳大利亚、日本、俄罗斯等国家以及香港、台湾等地区的６０余所大学及相关科研院所，与联合国粮农组织、世界银行等国际组织建立了全方位的合作交流关系和广泛的学术联系。
