这是一所为军队培养临床医学、卫生事业管理学、麻醉学、药学、护理学专门人才及卫生管理干部的重点高等医科大学。学校现设训练部、政治部、校务部、科研部四部机关，下辖基础部、海军医学系、药学系、卫生勤务学系、护理学系、外训系、1个学员旅、1个研究生管理大队、3所附属医院（长海医院、长征医院和东方肝胆外科医院）、1所军医学院。共有教职员工1万余人。建校50年来，学校的训练任务和办学规模不断扩大，现设有临床医学、海军临床医学、药学、麻醉学、护理学、军队卫生事业管理、医学实验技术7个专业，招收博士、硕士、本科、大专、中专等 不同学历层次的学员，是军内唯一的医药学留学生培训基地，共为国防卫生战线输送了3万余名医、药、护、技和卫生事业管理合格人才。现有博士学位授权学科26个，硕士学位授权学科48个，设有基础医学、临床医学、药学3个博士后流动站。形成了以本科和研究生教育为主、专科教育为辅、各类成人教育为补充的比较完整的办学体系。学校于1997年10月进入国家"211工程"重点院校建设行列。
学校设有基础医学、临床医学、军事医学、药学、军事体育和政治理论等近147个教研室；抗疟药、放射医学2个研究室；全军肝胆外科、中西药、心胸外科、骨科等4个研究所和血液病、临床营养、临床免疫、烧伤、泌尿外科、生殖医学、计划生育和优生优育技术、急救医学9个全军研究中心。还设有神经生理、分子毒理学、免疫与基因治疗、心脏外科、肝胆肿瘤、生物信号传导6个全军重点实验室和国家卫生部真菌保藏中心，全军重点建设学科航海医学。
学校教学、科研和医疗力量雄厚。现有教学、科研、医疗和管理人员4000多名，其中在职正、副教授等高级专业技术职务人员630名、中科院院士2名、国务院学位委员会学科评议组成员3人，博士生导师91名，研究生导师300余名。先后有239人享受政府特殊津贴，28人在国际学术机构担任理事以上职务，115人次在国家二级以上学术机构组织担任副理事长以上职务，31人担任全军医学专业委员会正或副主任委员，第六届全军医学科学技术委员会常委2人、委员13人，12人被评为国家级有突出贡献的中青年专家。著名肝胆外科专家、中科院院士吴孟超教授，1996年被中央军委授予"模范医学专家"称号。长海、长征两所附属医院于1993年首批被评定为三级甲等医院，东方肝胆外科医院于1996年被评为三级甲等专科医院。1978年以来，学校共获各类重点教学、科技、医疗成果奖1252项，其中国家自然科学奖1项、国家发明奖15项、国家科技进步奖30项、军队科技进步一、二等奖206项、专利79项。
学校仪器设备精良，拥有磁共振、CT系统、单光发射计算机断层扫描（ECT）、直线加速器、透射式电子显微镜、原子吸收分光光度计、激光活性细胞分析仪、全自动生化仪等现代化教学、医疗、科研仪器设备数千件，总价值达4.7亿元。
学校广泛开展国际学术交流，分别与33个国家和地区建立了学术交流及合作关系。先后主办了国际学术会议15次，聘请外籍客座教授100名，邀请外国学者来校讲学、合作科研3800余人次。
学校位于上海市东北部的杨浦区，占地面积1650余亩，建筑面积67.7万余平方米，校园环境优美，拥有现代化的教学楼、图书馆、实验大楼，办公大楼和国内一流的病房大楼。在建校50周年之际，全校师生正以“求实、创新、严谨、献身”校训为鞭策，满怀豪情地奔向21世纪。
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