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本专业是以信息科学、计算科学、运筹与控制科学等为基础交叉渗透而形成的理科专业。2008年和2009年，信息与计算科学专业分别被遴选为校级和省级特色专业;2012年，信息与计算科学专业被遴选为省级“专业综合改革试点”专业。
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2013年，数学与应用数学专业被遴选为省级“专业综合改革试点”专业。
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英语(国际贸易)专业以英语语言文学为主、国际贸易为辅，培养学生扎实的英语语言基础、熟练的语言交际能力、广博的中西文化知识，以及国际贸易的基本知识和运用能力。本专业毕业生富有创新精神，专业能力强，综合素质高，可从事英语语言教学与研究、对外经济贸易、外交、翻译、金融、航空服务、新闻及期刊出版等英语和跨文化相关的专业工作。
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本专业是针对国民经济信息化建设和发展的需要，面向IT产业界对软件工程技术人才的需求，培养具有良好的科学素养，掌握软件工程基础理论和先进开发技术、软件系统开发设计方法、软件项目策划与管理、软件工程标准和软件测试技术，具有软件开发实践和项目组织实施经验的国际化、复合型、应用型高级软件工程技术和软件工程管理人才。专业以合肥工业大学软件工程一级学科博士学位授权点和博士后流动站为支撑，具有雄厚的学科实力。
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本专业创办于1958年，是我国最早设置汽车专业的大学之一。
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能源与动力工程专业包括内燃机和制冷与低温技术两个方向，属于动力工程及工程热物理一级学科，具有一级学科硕士学位授予权。本专业分设两个二级学科(动力机械及工程、制冷与低温工程)，均有硕士学位授予权。
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交通工程专业成立于1999年，以安徽及国家道路网畅通计划、低碳交通的政策为导向，以道路交通规划与管理为特色，辅以道路与城市轨道交通规划、设计、建设及运营管理，培养具备交通工程系统分析与规划、交通工程设计及施工与管理等方面知识的专门技术人才。本专业拥有交通运输工程一级学科硕士学位授权点，现有教学科研人员16人，教授1人(博士生导师1人)，副教授6人，讲师10人，硕士生导师9人，教师中90%具有博士学位。
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交通运输专业以交通工程、车辆工程等传统优势学科为依托，注重汽车构造、汽车运用工程学、运输组织、物流工程、交通规划、设计与管理等相关课程的交叉融合，强调理论知识与实践相结合。具备从事交通运输、汽车运用与管理、汽车服务、物流系统规划设计与管理等方面复杂工作的综合集成创新能力。本专业拥有交通运输工程一级学科硕士学位授权点，现有教学科研人员16人，教授2人(博士生导师2人)，其中国家基金委优秀青年基金项目获得者1人，副教授6人，讲师8人，硕士生导师9人，教师中90%具有博士学位。
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创办于1997年，是国内最早一批招收本科制药工程专业的高校，2009年列为国家级特色专业，2012年通过全国工程教育专业认证，2013年获批实施国家级“卓越工程师计划”。本专业2011-2015年连续五届参加全国大学生制药工程设计竞赛均取得优异成绩。本专业师资力量雄厚、主编或参编包括国家级规划教材和精品教材在内的教材10多部。目前，本专业是全国制药工程类课程教学师资培训任务的主要承担单位。
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药学专业是我校为适应21世纪我国社会主义现代化建设需要，更好地为人民健康服务新设置的专业。药学是在人类与疾病斗争过程中逐渐产生并发展起来的一门科学，对如何保障人类的健康发挥着重要的作用，因而药学专业是一门与应用密切相关的学科。
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