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水文与水资源工程专业是水利工程一级学科的二级学科之一，近年来发展迅速。拥有土木工程(水资源工程与结构)二级学科博士学位授权点、水利工程一级学科硕士学位授权点、土木水利(专业硕士)学位授权点，为学生进一步深造创造了有利条件。
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本专业主要培养水利水电工程建设与管理 、水资源规划、开发与利用等领域的高级工程技术人才。
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土木工程专业是国家级特色专业，也是国家首批“卓越工程师培养计划”试点专业和国家综合教改示范专业。2019年土木工程入选国家级一流本科专业建设点。在全国较早设立了土木工程专业，最初起源于1945年的土木科。已于1997年、2020年等连续5次通过国家认证(6年有效)。拥有土木工程一级学科博士和硕士学位授权点、能源动力工程博士学位授权点、土木水利专业硕士学位授权点和土木工程博士后流动站;土木工程为安徽省一级重点学科;土木工程专业下设建筑工程、道路与桥梁工程、岩土工程、工程管理4个方向，同时设置土木工程(智能建造)创新实验班(全校选拔);与英国伯明翰大学以“2+2”方式联合培养土木工程专业本科生，为学生进一步深造、培养高层次、国际化卓越人才创造有利条件。
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应用化学学科于1984年开始招收硕士研究生，是合肥工业大学最早的硕士点之一。在18年学科建设基础上，于2002年开始招收应用化学专业本科生。本学科为原机械部重点学科和安徽省重点学科，2014年获安徽省专业综合改革试点专业。本专业师资力量雄厚，专业教师博士学位获得率100%，高级职称比例为85.7%，其中教授比例为50.0%。历年来本专业毕业生攻读研究生的比例约为50%，大多进入985或“双一流”全国知名高校或中科院研究所继续深造。
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高分子材料与工程专业前身是创建于1958年的有机合成工学专业、1959年改设的高分子工学专业，1977年更名为高分子化工专业，1985年更名为高分子材料专业，1998年更名为高分子材料与工程专业。该专业于2011年批准为国家级卓越工程师培养计划试点专业，2012年获批省级校企合作实践教育基地。该专业是合肥工业大学办学历史最悠久的专业之一，也是学校教学科研力量雄厚、办学特色鲜明的重点发展专业。毕业生或进入国内外著名高校和科研机构深造，或服务于国家机构与大中型企业。
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化学工程与工艺专业前身是创建于1958年的无机化工专业，1992年更名为化工工艺专业，1998年更名为化学工程与工艺专业。该专业现为国家级一流专业建设点、安徽省一流品牌专业、安徽省特色专业，于2011年、2018年两次通过国家工程教育专业认证，2013年获批国家级卓越工程师培养计划试点专业、安徽省专业综合改革试点专业，2014年获批省级校企合作实践教育基地，2020年获批国家一流本科专业建设点。该专业所在的学科为安徽省重点学科，作为合肥工业大学办学历史最悠久的专业之一，是学校教学科研力量雄厚、办学特色鲜明的重点发展专业。
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当前，信息已成为整个社会的重要资源，信息产业正以前所未有的速度高速发展，网络空间已经成为海、陆、空、天之外的第五疆域，各国对网络与信息安全高度重视。本专业是由计算机、电子信息、通信等领域相互渗透而形成的一门新兴学科，具有广阔的就业前景和国家需求。
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通信工程专业是面向通信与信息行业、口径较宽、适应面较广的专业，主要培养从事移动通信、无线网络、微波与导航以及智能信息处理等领域的专门人才, 现代的5G无线通信、光纤通信、卫星通信、量子保密通信等都属于通信工程学科领域。随着互联网和移动通信广泛应用，通信工程已经发展成为一个有着广阔应用前景和社会需求的专业领域。
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电子信息工程专业始于1958年建立的无线电技术专业，获批建设国家一流本科专业，是合肥工业大学的特色专业，安徽省综合改革试点专业，并入选教育部第三批卓越工程师教育培养计划，具有雄厚的师资力量和良好的教学、科研条件，办学特色鲜明。本专业分为信号检测与控制、多媒体信息处理、雷达与电子对抗等三个方向。
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计算机科学与技术专业入选首批国家级一流本科专业建设。本专业是安徽省特色专业，入选教育部第二批卓越工程师教育培养计划，是目前国内各高校中少数通过国家工程教育专业认证的专业之一。
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