医学技术系现有医学检验技术、医学影像技术、医疗设备应用技术和眼视光技术四个专业，系部下设临床检验基础、生物化学、微生物免疫、医学影像、医疗设备与眼视光共5个教研室。经过多年的专业建设，坚持立足培养、适当引进的原则，逐步形成了各专业专兼结合、双师结构的教学团队，现有教职员工35人，其中专业专任教师23人（副教授8人、讲师8人、助教7人）。
医学检验技术专业于2010年成为福建省高职精品专业，2011年成为省级教学团队，同年获批“中央财政支持专业建设项目”,2013年获批“省级示范专业”。医学检验技术专业本着双向介入、优势互补、互惠互利的原则，与多家企业签订了校企合作协议书，部分企业还捐资在学院设立了奖、助学金，用于奖励品学兼优的学生和突出贡献的教师，截止2016年6月，共有176人次获得奖励基金。自2012年学院与三明、南平、莆田、宁德等地卫生局签订人才培养协议以来，医学检验技术专业还承担了为福建省各偏远乡镇地区乡镇卫生院输送合格紧缺人才的光荣任务。
医学影像技术专业于2011年获批“中央财政支持专业建设项目”和“省级示范校重点建设专业”，2014年获批“省级示范专业”。 医学影像技术专业在学院于2009年11月与台湾元培科技大学缔结为姊妹院校的基础上，先行先试，与台湾元培科技大学放射技术系合作，引进台湾优质教学资源，聘请台湾元培科技大学教授来校授课，同时每年选派专业教师和学生赴台进修学习及学术交流。2010年12月医学影像技术专业与福建省肿瘤医院签订协议建立医学影像技术专业（放射治疗方向）肿瘤医院教学基地合作办班，取得很好的效果，毕业生深受各大医院的青睐。
医疗设备应用技术专业于2011年获批招生。2016年起与莆田湄洲湾职业技术学院签订校校合作协议，双方互派医疗设备应用技术专业学生在第五学期到对方单位学习，利用各自优势，资源互补，促进双方在专业建设、职业能力训练等方面的共同发展。
眼视光技术专业于2013年获批招生。目前眼视光技术专业采取以“学院和东南眼科医院联合办学”的方式，即“在校学习1年+在福州东南眼科医院学习1年+顶岗实习1年”的人才培养模式。
医学技术系以医学检验技术、医学影像技术为双核心，整合医疗设备应用技术和眼视光技术相关专业构建医学技术专业群，秉承“明德、励学、强技、敬业”的精神，主动适应福建省医药卫生医学技术行业人才需求，深化教育教学改革，全面提高办学质量和人才培养水平。
