截至2017年5月，学校设有商学院、社会发展与管理学院
湖州师范学院
、政治学院、教师教育学院、体育学院、文学院、外国语学院、艺术学院、理学院、信息工程学院、工学院、生命科学学院、医学院、护理学院等14个二级学院，举办1所独立学院——求真学院，有4所附属医院。
| 学院名称 |
专业名称 |
| 湖州师范学院商学院 |
物流管理、市场营销、国际经济与贸易、财务管理、电子商务 |
| 湖州师范学院社会发展与管理学院 |
历史学（师范）、行政管理、旅游管理 |
| 湖州师范学院政治学院 |
思想政治教育 |
| 湖州师范学院教师教育学院 |
学前教育、小学教育、教育及数学 |
| 湖州师范学院体育学院 |
体育教育 |
| 湖州师范学院文学院 |
广告学、汉语言文学（师范）、汉语言文学、新闻学、汉语国际教育 |
| 湖州师范学院外国语学院 |
英语（师范）、日语、商务英语 |
| 湖州师范学院艺术学院 |
视觉传达设计、环境设计、美术学（师范）、音乐学（师范） |
| 湖州师范学院理学院 |
物理学、数学与应用数学、科学教育、信息与计算科学、光电子科学与技术 |
| 湖州师范学院信息学院 |
物联网工程、电子信息工程、计算机科学与技术 |
| 湖州师范学院工学院 |
电气工程及动化、机械设其自计制造及其自动化 |
| 湖州师范学院生命科学学院 |
制药工程、材料化学、生物工程、化学（师范）、水产养殖、生物（师范） |
| 湖州师范学院医学院 |
口腔医学（五年制本科）、临床医学（五年制本科）、护理学（四年制本科）、临床医学（三年制专科） |
| 湖州师范学院护理学院 |
护理学（四年制本科）、护理专业（老年护理方向）【三年制专科】 |
湖州师范学院附属第一医院
湖州师范学院附属中心医院
湖州师范学院附属妇幼保健院
湖州师范学院附属口腔医院
