医学院目前拥有一支结构合理、锐意创新的专职基础医学教师队伍，共有教师34人，其中有博士生导师10人，校特聘教授8人，教授15人，副教授11人，讲师10人，21人具有在国外学习和研究背景，32位具有博士学位；在联合办学单位聘用专任临床教学教师157人，其中有院士5人，博士生导师30人，教授100人，副教授52人，具有博士 、硕士学位的教师72人。此外，学院每年还多次聘请国、内外著名学者来学院讲学。现任院长是免疫学专家、特聘教授、博士生导师向荣教授。
学院基础医学教学条件优良。拥有现代化的多媒体教室和医学实验教学中心，五个基础医学教学综合试验室总面积860平方米，各类实验仪器设备近千台，总价值达到1420余万元，充分满足基础医学14门课程的实验教学之需。南开大学丰富的藏书和便捷的网络设施为学生们拓宽视野提供了充足的资料和信息。
学院本着提高标准、严格要求、把握医学前沿动态组织教学的原则，贯彻拓宽基础、加强实践的办学方针，始终坚持教学与科研并重。系统解剖学、局部解剖学、生理学、医学分子遗传学、病理生理学、药理学、病理学、医学免疫学分别被评为南开大学精品课程。近年来，随着人才引进和科研经费大幅度增加，学院在科学研究方面也取得了引人瞩目的成就。2006年至2008年的三年间，医学院“985”项目“分子医学”经过建设顺利通过验收；基础医学专业进入“211”工程重点建设学科。目前学院各类在研、各类科研项目共计百余项，其中包括国家自然科学基金、“863”项目、“973”项目共计10余项，天津市自然科学基金13项，国内外合作36项，教育部回国留学人员基金8项，以及多项横向合作科研项目，总计科研经费近1300万元；在国内外著名学术期刊上发表学术论文230余篇，其中SCI收录40余篇。
学院采用联合办学的体制，长期与中国人民解放军第254医院、天津市第一中心医院、天津市儿童医院、天津市第三中心医院、中国医学科学院血液学研究所、天津市肿瘤医院、天津市胸科医院以及天津市口腔医院等多家医疗院所实行联合办学。近年来南开大学医学院与中国人民解放军总医院建立了紧密的全面合作关系。双方在人才培养、学科建设、教学科研等领域开展全方位合作，加强高层次人才培养，开展高水平科学研究，努力创建国际一流的医学人才培养基地。上述医疗院所实力雄厚，拥有一批国内外著名的医学专家，为临床教学和实习提供了良好的实践场所。此外学院还与国内外知名医学院校建立了联合培养研究生制度，例如英国的爱丁堡大学和香港大学每年挑选我们的优秀学生为该校的研究生。
学院除七年制临床医学专业外，已具有生物医学工程、生理学、人体解剖与组织胚胎学、免疫学、内科学、儿科学、影像医学与核医学、外科学、妇产科学、耳鼻咽喉科学、口腔临床医学11个硕士学位授权点。学院还与南开大学生命科学学院共同培养生物化学与分子生物学专业以及生理学专业的博士研究生。
2009年，医学院还将在原有的基础上再次实现两项质的飞跃。第一，学院将在保持七年制“本、硕”连读教学班的基础上挑选出最优秀的学生组成“本、硕、博”贯通的八年制试点班，旨在培养未来顶尖的医学精英。第二，学院将正式开始承办五年制口腔医学专业，与天津市口腔医院（南开大学附属口腔医院）全面合作，培养社会急需的高素质口腔医学专业人才。
临床医学专业
临床医学专业旨在培养医德高尚、人文和自然科学基础广泛、医学基础理论扎实、专业实践技能熟练，特别是具有终生自我充实能力的高级医学专门人才。本专业为学制七年的本硕连读专业，学生在第六、七两年享受研究生待遇，完成学业并经审查合格者准予本科和研究生毕业，同时授予医学学士学位和硕士学位。
该专业主要课程有：人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、医学微生物学、医学免疫学、人体寄生虫学、医学分子遗传学、病理解剖学、病理生理学、药理学、诊断学、医学影像学、核医学、中医学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、皮肤病学、传染病学、神经病学、精神病学、眼科学、耳鼻喉科学、血液学、医学统计学、医学心理学、法医学等。毕业生能够从事医疗、科研、教学等方面的工作。
临床医学专业目前已招收20届七年制临床医学专业647名学生，毕业13届254名，现有在校生7届356人。毕业生部分到国外著名大学进一步研修，其余的毕业生遍布国内各三甲医院，并具有良好的声誉。2008年该专业毕业率达到100﹪，就业率达到100﹪，毕业生中71﹪进入协和、同仁等国内知名的三甲医院工作，21﹪考取了博士研究生．
口腔医学专业
口腔医学专业旨在培养全面发展的、从事口腔科医疗和保健工作的通科医师。学生应掌握基础医学、临床医学和口腔医学的基本理论和医疗技能，毕业后能够从事口腔颌面部疾病的医疗和保健工作。
该专业学生应获得以下知识和能力：基础医学和临床医学的基本理论知识和实验技能；全身常见病的初步诊治以及与口腔相关疾病的处理；口腔医学各学科的基本理论知识和医疗技能；口腔科常见病、多发病的诊治和急、难、重症的初步处理：口腔医学科学研究的初步能力。
口腔医学专业本科学制五年，毕业后可授予医学学士学位。
